Se stiamo usando Drupal 6 con l'Update Status attivo può capitare che a lato amministrativo si possano avere errori del tipo:
Warning: MySQL server has gone away query .....
Questo capità soprattutto se si va nella pagina degli "Aggiornamenti disponibili" (admin/reports/updates) dove vengono impiegate molte risorse del database MySQL.
Tra le tante soluzioni che ho trovato su internet, una molto semplice è quella installare il modulo Drupal Tweaks che tra le tante opzioni messe a disposizione, permette di impostare correttamente i parametri di MySQL in modo da non avere più problemi di time-out.
Il modulo si può scaricare da qui http://drupal.org/project/drupal_tweaks